Свою историю музей начинает в 1933 году, когда г. Алдан был еще п. Незаметный. Изначально музей был посвящен минералогии. В 1999 году деревянное здание сгорело со всеми экспонатами, но благодаря стараниям работников музея в 2000 году началось воссоздание фонда.
Экспозиционная площадь составляет 265 кв. м. Сейчас в музее действуют постоянные экспозиции по археологии, этнографии, фауне Алданского района, истории становления прииска Незаметного и истории развития золотодобычи, Зал русского быта, Зал памяти и боевой славы. Фонды представлены 14 коллекциями: живопись, графика, скульптура, предметы прикладного искусства, быта и этнографии, минералы, нумизматика. Учреждение обладает богатым художественным фондом, в котором представлены картины якутских живописцев.В 2020 году деятельность музея строилась в соответствии с основными направлениями культурной политики, связанной с проведением 90-летия Алданского района, 75-летия Победы в Великой Отечественной войне, Года памяти и славы в России, Года патриотизма в Республике Саха (Якутия). Музей провел ряд мероприятий, посвященных этим событиям.Основной фонд насчитывает 11 891 экспонат. Культурно-образовательная деятельность — одно из ведущих направлений работы. Специалисты проводят обзорные и тематические экскурсии, образовательные мероприятия, мастер-классы, организуют встречи с интересными людьми.